แปลงเป็นวัดธรรมยุต

ภายหลังเสนาสนะสงฆ์ได้ชำรุดทรุดโทรมลงไปมาก พระภิกษุสามเณรภายในวัดก็มีความประพฤติไม่เหมาะสมหลายประการ ต่อมา พ.ศ.๒๔๓๘ พระอาจารย์สี ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสอยู่ในขณะนั้น ท่านเป็นพระนักวิปัสสนารูปหนึ่ง มีความเคารพนับถือกับพันเอกพระยาอาวุธภัณฑ์เผด็จ (ท้วม) เจ้ากรมคลังแสงในรัชกาลที่ ๕ ซึ่งท่านมีบ้านอยู่ริมคลองบางพลัด ตรงข้ามกับวัดอาวุธวิกสิตารามทางด้านทิศเหนือและท่านเป็นผู้ให้ความอุปถัมภ์วัดนี้มาตลอด พระอาจารย์สีและท่านเจ้ากรมคลังแสงได้ปรึกษากันว่าวัดนี้เป็นวัดเก่าแก่วัดหนึ่ง เสนาสนะได้ชำรุดทรุดโทรมไปมาก สมควรที่จะทำการบูรณปฏิสังขรณ์ และเปลี่ยนแปลงให้เป็นวัดธรรมยุต เพื่อความเหมาะสมแก่เหตุการณ์ในสมัยนั้น เมื่อตกลงกันแล้ว จึงพร้อมกันไปพบท่านพระครูแจ่มที่วัดโสมนัสวิหาร กรุงเทพฯ (ภายหลังท่านมีสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะที่ พระธรรมฐิติญาณ ต่อมาได้เป็นเจ้าอาวาสวัดเครือวัลย์วรวิหาร ธนบุรี)

เมื่อหารือกันแล้ว เห็นสมควรให้แปลงเป็นวัดธรรมยุต จึงได้นำพันเอกพระยาอาวุธภัณฑ์เผด็จ (ท้วม) เข้าเฝ้า สมเด็จพระมหาสมณะเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทูลขอแปลงวัดปากคลองบางพลัดเป็นวัด “ธรรมยุต” สมเด็จพระมหาสมณะเจ้าฯ ทรงเห็นชอบด้วย และตรัสสั่งให้พันเอก พระยาอาวุธภัณฑ์เผด็จ เป็นผู้อุปถัมภ์บูรณปฏิสังขรณ์เสนาสนะที่ชำรุดทรุดโทรม ท่านได้บริจาคทรัพย์พร้อมด้วยญาติมิตรลงมือซ่อมแซมกุฏิ หอสวดมนต์ สร้างศาลาการเปรียญ และได้สร้างอุโบสถขึ้นใหม่แล้วจึงขอพระราชทานวิสุงคามสีมา แปลงเป็นวัดธรรมยุต พร้อมนำความกราบทูลขอพระราชทาน นามวัดใหม่ จากพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๕ ซึ่งพระองค์ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามวัดใหม่ว่า “วัดอาวุธวิกสิตาราม” ใน ปี พ.ศ.๒๔๔๑ มีความหมายว่า “วัดพระยาอาวุธฯ และคุณหญิงแย้มฯ” (เป็นผู้บูรณปฏิสังขรณ์) จึงได้ชื่อว่า “วัดอาวุธวิกสิตาราม” ตั้งแต่นั้นมาจนถึงปัจจุบัน (พ.ศ.๒๕๓๗) รวมเป็นเวลา ๙๖ ปี

วัดนี้ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาครั้งแรกเมื่อ วันที่ ๑๙ เมษายน ๒๔๔๑ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาครั้งหลังเมื่อวันที่ ๑๒ เมษายน ๒๕๑๑ เดิมทีที่ของวัดส่วนหนึ่งเป็นที่ตั้งสถานที่ราชการคืออำเภอบางพลัดเก่าปัจจุบันสถานที่แห่งนี้เป็นที่ตั้งโรงเรียนเทศบาลวัดอาวุธวิกสิตาราม สังกัดกรุงเทพมหานคร

เป็นศูนย์กลางเสด็จทรงบำเพ็ญพระกุศลถวายเทียนพรรษา

พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าโสมสวลี พระวรราชาทินัดดามาตุ แลพระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าพัชรกิติยาภา ได้เสด็จทรงบำเพ็ญพระกุศลถวาย ต้นเทียนพรรษา ณ วัดอาวุธฯ เพื่อประทานเทียนพรรษาแด่วัดต่าง ๆ ในเขตบาพลัดและบางวัดในต่างจังหวัดรวม ๒๐ วัด โดยเสด็จทรงบำเพ็ญพระกุศล ถวายต้นเทียนพรรษาที่วัดอาวุธฯนี้เป็นประเพณีทุกปี จัดเป็นศูนย์กลางเพื่อให้วัดในละแวกใกล้เคียงและวัดในต่างจังหวัด (บางวัด) ได้มารับเทียนพรรษา จากพระองค์ท่าน เป็นจุดรวมน้ำใจของเหล่าพสกนิกรทั้งมวลที่จะได้มีโอกาสเข้าเฝ้ารับเสด็จฯ ด้วยความจงรักภักดีอย่างใกล้ชิด มีคณะแม่บ้านทหารบก เป็นประธานฝ่ายฆราวาส และมีข่าราชการพ่อค้า ประชาชน นักเรียน นิสิต นักศึกษา รวมทั้งลูกเสือชาวบ้านมาเฝ้ารับเสด็จฯเป็นประจำทุกปี โดยเริ่มเสด็จฯ ตั้งแต่ พ.ศ.๒๕๒๔ เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน

เป็นที่ตั้ง “ฌาปนสถานกองทัพบก”

ในปี พ.ศ.๒๕๓๒ พล.อ.ชวลิต ยงใจยุทธ ผบ.ทบ. ได้ขออนุญาตจากทางวัดอาวุธฯ เพื่อขอปรับปรุงฌาปนสถานของวัด เทพื้นสนามบริเวณวัดให้เป็น สนามคอนกรีต ถมที่ให้พ้นจากน้ำท่วมขัง ซ่อมแซมศาลาบำเพ็ญกุศล โดยได้รับความเห็นชอบจากทางวัด อนุมัติให้จัดเป็น “ฌาปนสถานกองทัพบก” ต่อไป เอบริการสมาชิกฌาปนกิจสงเคราะห์กองทัพบก หรือข้าราชการทหารที่อยู่ย่านฝั่งธนบุรี ให้ได้รับความสะดวกในการจัดฌาปนกิจศพ ตลอดถึงเพื่อบริการ ประชาชนทั่วไปให้ได้รับความสะดวกขึ้น ในเรื่องการจัดการฌาปนกิจศพ